Todas las especies de rinoceronte que habitan el planeta se encuentran, según la Lista Roja, bajo algún grado de amenaza. Esto afecta a las tres especies africanas: rinoceronte blanco y rinoceronte negro; y a las dos asiáticas: rinoceronte de la India, rinoceronte de Sumatra y rinoceronte de Java.
La especie rinoceronte de Java, Rhinoceros sondaicus, está clasificada en peligro crítico (CR) y cuenta con tres subespecies reconocidas, dos ya se han extinguido y la que queda está a las puertas de la extinción:
(CR) Rinoceronte de Java indonesio, R. sondaicus sondaicus, aunque es el único que sobrevive, su población actual apenas suma 60 individuos. Se le considera en peligro crítico.
(EX) Rinoceronte de Java indio, R. sondaicus inermis, fue la subespecie que ocupó el este de la India y se declaró extinta a principios del siglo XX.
(EX) Rinoceronte de Java vietnamita, R. sondaicus annamiticus, es la de extinción más reciente. El último individuo conocido fue hallado sin vida el 29 de abril de 2010. Es probable que el ejemplar, una hembra, muriese por la infección de una herida provocada por los disparos de cazadores furtivos. Le habían mutilado el cuerno. La subespecie tuvo que enfrentarse a enormes presiones, especialmente al aumento de la demanda de cuernos promovida por la medicina tradicional china y su consecuente caza furtiva, cada vez más desenfrenada. El crecimiento de la población humana y el uso del terreno para la agricultura, unido a una deficiente gestión de los recursos por parte de las autoridades vietnamitas, también sentenciaron su final.